主要職能為承擔國家、自治區、南寧市涉及水、氣、噪聲、振動、降水、土壤、核與輻射等常規監測任務、污染源監測任務和突發環境污染事件應急監測任務；為南寧市污染減排、環境管理開展監測服務工作，同時還為在邕舉辦的中國—東盟博覽會等重大會事提供環境質量監控和應急監測服務；負責南寧市轄六縣環境監測機構的技術指導；開展社會性委托監測工作。

全站現有編制88人（包括10個核與輻射管理編制），在職職工97人，其中站領導6人，共設置有總工辦、污染源監測科、環境質量監測科、自動監測科、業務技術科、生態監測科、電離輻射科、電磁輻射科、綜合信息科及辦公室等10個科室。全站現有在職技術人員比例為85%，其中研究生學歷12人，本科以上學歷61人，高級職稱13人，中級職稱38人。現有固定資產2300多萬，辦公實驗用房面積3600多平米，監測儀器設備200多臺（套），包括氣象色譜-質譜聯用儀、氣相色譜儀、高效液相色譜儀、原子吸收光譜儀、雙道原子熒光光度計、流動注射儀、離子色譜儀等數十臺實驗室大型分析儀器和便攜式氣相色譜儀、便攜式生物毒性儀、便攜式重金屬監測儀、便攜式流速流量測定儀、便攜式余氯和總氯分析儀、便攜式多參數水質速測儀等先進應急監測儀器。2009年11月通過廣西自治區計量認證復評審，認證項目增加至8大類，分析項目涵括水、氣、聲、振動、土壤、核與輻射等共202項。

目前已建成9座環境空氣質量自動監測站、4個水質自動監測站和2個酸雨自動監測站，同時還建成了全區首個溫室氣體自動監測站，可對南寧市轄區內的環境空氣、城市上游來水水質及飲用水源水質、降水、溫室氣體實施24小時自動監控，及時預警環境空氣和水環境質量的異常變化。

南寧市環境保護監測站曾先后獲得了“九五期間全國先進環境監測站”、“廣西壯族自治區優質實驗室”、“全區環境監測工作先進集體”、“全國水質自動監測站運行管理先進站”、“南寧市2006年度安全生產工作先進單位“、“八桂2008奧運反恐應急演習先進單位”、“2008年‘3.22’、‘6.7’突發性環境污染事件應急監測工作先進單位”、“2009年廣西壯族自治區環境監測技能競賽團體綜合獎二等獎”、“南寧市2009年先進單位”、“2010年廣西環境監測專業技術人員大比武選拔賽團體獎”、“2010年全國環境監測業務信息工作先進單位”等光榮稱號；獲得各級科研、科技成果獎勵十多項；“南寧市五年環境質量報告書”連續三次在國家環保部評比中獲獎。